Натура 2000 е во надлежност на Министерството за животна средина и просторно планирање. Сепак мерките за спроведување на Натура 2000 исто така се поврзани со многу засегнати страни, како што се:
- Министерство за земјоделство, шумарство и водостопанство (МЗШВ);
- Министерство за транспорт и врски;
- Министество за економија;
- Министерство за култура;
- Јавни установи Националeн парк (Маврово, Пелистер и Галичица);
- Јавно претпријатие за управување и заштита на повеќенаменско подрачје Јасен;
- ЗЕЛС – Заедница на единиците на локални самоуправи;
- Општини (дел од нив се управувачи со заштитени подрачја);
- Град Скопје;
- Јавно претпријатие за државни патишта;
- Јавно претпријатие Македонски Шуми;
- Јавно претпријатие за пасишта;
- Хидробиолошки завод, Охрид;
- Природонаучен музеј на Македонија;
- Национална комисија за УНЕСКО Македонија;
- Агенција за планирање на просторот;
- Агенција за поттикнување и развој на земјоделството;
- Универзитети и факултети;
- Невладини организации и здруженија на граѓани од областа на заштита на природата;
- Сопственици на земјиште;
- Бизнис сектор;
- Сектор за инфраструктура (ЕЛЕМ, МЕПСО, ЕВН);
- Сектор за туризам и др.
Важно да се напомене фактот дека јавноста треба да биде вклучена во спроведувањето на Натура 2000. Без оглед дали преку граѓанското општество, или директно, сите кои сакаат да се вклучат, можат слободно истото да го направат.