Натура 2000 е во надлежност на Министерството за животна средина и просторно планирање. Сепак мерките за спроведување на Натура 2000 исто така се поврзани со многу засегнати страни, како што се:

Важно да се напомене фактот дека јавноста треба да биде вклучена во спроведувањето на Натура 2000. Без оглед дали преку граѓанското општество, или директно, сите кои сакаат да се вклучат, можат слободно истото да го направат.