Допрва треба да се развијат плановите за управување за имплементација на Натура 2000 во земјава.

Во меѓувреме, како основа, треба да се користат насоките од директивите.

Управување и заштита на Натура 2000 подрачја.

Членот 6 е ​​еден од најважните членови во Директивата за живеалишта, бидејќи дефинира како се управуваат и заштитуваат подрачјата на Натура 2000. Во рамките на мрежата за Натура 2000, земјите-членки треба да:

• Да се ​​преземат соодветни мерки за зачувување за да се одржат и реставрираат живеалиштата и видовите за кого е назначено даденото место со поволен статус за зачувување;
• Избегнат штетни активности коишто би можеле значително да ги вознемират овие видови, или да ги влошат стаништата на заштитените видови, или типови на живеалишта.

Активно управување со одредени живеалишта се смета за неопходно за зачувување на подрачјата од Натура 2000. На следниов линк од веб страницата на Европската комисија може да се најдат документи за избрани живеалишта кои содржат детални описи на практични техники за управување кои се дизајнирани да помогнат во управувањето со подрачјето, преку сопствени наменски планови за управување, наменски за типови живеалишта и насочени за целните видови. Спроведувањето на тие техники “на терен” и земајќи ги предвид локалните ограничувања треба да доведат до планови за управување во согласност и со локалните услови и со директивите.

Управувањето со Натура 2000 вклучува, исто така, и врски помеѓу Рамковната директива за води и мрежата за Натура 2000. Упатствата се достапни на следниов линк.