Главната цел на Натура 2000 е да се зачува биодиверзитетот за идните генерации, како клучен дел во функционирањето на екосистемот. Одржување на она што е драгоцено од природата треба да биде приоритет на сите земји и постоењето на листа на видови и живеалишта кои се под посебна заштита е еден чекор напред во овој правец. Визијата за одржливиот развој може да стане реалност со инструментот на Натура 2000, чија покриеност се зголемува со текот на времето, во согласност со нејзината главна цел – да има колку што е можно повеќе заштитено природно наследство во Европа.

Друга придобивка е подобрување на законската регулатива. Многу закони треба да бидат усогласени пред влезот во ЕУ,  а оној што ги опфаќа заштитата на природата е еден од нив. Постоењето на законска регулатива која е создадена врз истата основа значи подобра координација и подобри резултати.

Но, може да се праша – доколку земјата мора да чека додека да стане членка, кој е  бенефитот/придобивката од започнување на процесот за Натура 2000 додека земјата сè уште е кандидат? Одговорот е дека повисокото и поконтролирано зачувување е од корист за нејзината сопственост, дури и пред подрачјата да се официјално дел од Натура 2000.

Покрај тоа, Натура 2000 поставува нови можности во руралните средини преку развој на еко-туризмот, одржливо земјоделство и користење на природните ресурси на начин кој не ја загрозува животната средина. Натура 2000 може да стане важен извор на приходи за локалното население, а тоа опфаќа:

• Развој на туризмот – еколошката мрежа Натура 2000 позитивно влијае на животната средина и тоа е научно докажано. Според тоа, ова привлекува туристи и зголемување на бројот на посетители;
• Откако ќе стане членка, сопствениците на земјиштето може да имаат корист од тоа што се наоѓаат во Натура 2000 подрачја и може да се очекува финансиски придобивки за локалното население кое извршува активности за заштита на Натура 2000 подрачјата;
• Влада исто така може да се добие финансирање и програми за подобрување на состојбата на инфраструктурата (за патишта, канализација, велосипедски патеки, образование и програми за обука и натпревари, итн.) во подрачјата од Натура 2000 откако земјата ќе влезе во ЕУ.