Në nivel të BE-së, natyra dhe biodiversiteti janë të mbrojtura me më tepër pika të ligjit. Në fillim ky përkushtim i plotë i mbrojtjes së natyrës daton nga prilli i vitit 1979 me miratimin e Direktivës së BE-së për shpendë, e cila ofron mbrojtje të plotë të të gjitha specieve të shpendëve të egra, të cilat i hasim natyrshëm në BE. Me qëllim që të ndihmohet në qëndrueshmërinë e biodiversitetit, Direktiva e habitateve është miratuar në vitin 1992. Ajo mbron më tepër se  1000 specie bimore dhe shtazore dhe më tepër se  200 specie të habitateve.  Formimi i rrjetit të gjërë të zonave të mbrojtura të BE-së  Natura 2000 , gjithashtu filloi . Krahas legjislacionit, me Strategjinë e re për llojshmërinë biologjike, e cila është miratuar në vitin 2011,përcaktohen  gjashtë objektiva dhe 20 aktivitete, për të  parandaluar humbjen e  biodiversitetit  dhe shërbimet e ekosistemit në vendet e BE-së deri në vitin 2020.

Kur bëhet fjalë konkretisht për Natura 2000, Legjislacioni evropian përkufizon dy specie të sferave në kuadër të rrjetit Natura 2000: Zonat e veçanta të mbrojtura  (SPA), të cilat janë themeluar në pajtim me Direktivën e BE-së për shpendët dhe Zonat e veçanta të  ruajtjes  (SAC), në pajtim me Direktivën e BE-së për habitate.

Aspektet legjislative janë veçanërisht të rëndësishme kur bëhet fjalë për Naturën 2000. Vetëm me harmoniozimin e ligjeve, të njëjtat rregulla mund të zbatohen në të gjitha zonat e mbrojtura. Kjo është arsyeja pse vendet kandidate duhet të fillojnë në fillim me adaptimin e korrnizës së tyre ligjore dhe ky është një rast edhe në vendin tonë. Si pjesë e projektit “Përforcimi i kapaciteteve për implementimin e Natura 2000” do të bëhet harmonizimi i legjislacionit kombëtarë me direktivat e BE-së nga sfera e mbrojtjes së natyrës, propozim ndryshimet e Ligjit për Mbrojtjen e Natyrës dhe ligje  dhe akte nënligjore të tjera do të përgatiten dhe kjo do ti vëjë themelet e ndryshimeve të cilat duhet të ndërmerren para se të bëhet pjesë e BE-së.

Gjithashtu është me rëndësi të theksohet se edhe pse Korrniza Ligjore Evropiane ka të njëjtën bazë dhe një qëllim të përbashkët, vet vendi duhet të sigurojë që ligjet e miratuara janë harmonizuar me kushtet lokale.