Natura 2000 është nën kompetencat e Ministrisë së Mjedisit Jetësor dhe Planifikimit Hapësinor. Megjithate, masat për realizimin e Natura 2000 gjithashtu janë të ndërlidhura me shumë palë të tanguara, siç janë:
- Ministria e Bujqësiosë, Pylltarisë dhe Ekonomisë së Ujërave (МBPEU);
- Мinistria e Transportit dhe Lidhjeve;
- Мinistria e Ekonomisë;
- Мinistria e Kulturës;
- Institucionet Publike Parqet Kombëtare (Маvrovës, Pelisterit dhe Galiçicës);
- Ndërmarrja Publike për Menaxhimin dhe Mbrojtjen e Zonës Disa Qëllimore Jasen, Shkup;
- NJVL;
- Komunat (disa prej tyre janë menaxhues me zonat e mbrojtura);
- Qyteti i Shkupit;
- Ndërmarrja Publike Rrugët Shtetërore;
- Ndërmarrja Publike Pyjet e Maqedonisë;
- Ndërmarrja Publike e Kullotave;
- Enti Hidrobiologjik, Ohër;
- Muzei Natyror –Shkencor i Maqedonisë;
- Komisioni Kombëtarë i UNESKO-s;
- Аgjencia e Planifikimit Hapësinor;
- Universitetett dhe Fakultetet;
- Organizatat Joqeveritare dhe Shoqatat Civile nga sfera e mbrojtjes së natyrës;
- Pronarët e tokës Landowners;
- Sektori i Biznesit;
- Sektori i Infrastrukturës (ELEM, MEPSO, EVN);
- Sektori i Turizmit etj.
Me rëndësi është të përmendet fakti se publiku duhet të kyçet në zbatimin e Natura 2000. Me kohë përmes shoqërisë civile ose drejtpërdrejt, të gjithë që duan të kyçen, duhet të ndjehen të lire që ta bëjnë këtë, qoftë përmes shoqërisë civile ose drejtpërdrejt, të gjithë që duan të kyçen, duhet të ndjehen të lire që ta bëjnë këtë.