Qëllimi kryesorë i Natyra 2000 është ruajtja e biodiversitetit për brezat e ardhshëm, si pjesë kyçe e funksionimit të ekosistemit. Mirëmbajtja e asaj që është e çmueshme nga natyra  duhet të jetë prioritet i të gjitha vendeve dhe ekzistimi i një liste të specieve dhe habitateve të cilat janë nën kujdesin special është një hap para në këtë drejtim. Vizioni për një zhvillim të qëndrueshëm mund të bëhet realitet me instrumentin e Natura  2000, mbulimi i së cilës po rritet me kalimin e kohës, në pajtim me objektivin e saj kryesorë – që të ketë sa më shumë që të jetë e mundur  trashëgimi të mbrojtura natyrore në Evropë.

Një përfitim tjetër është përmirësimi i legjislacionit. Shumë ligje duhet të harmonizohen para hyrjes në BE, dhe ai që mbulon mbrojtjen e natyrës është njëri nga ata. Ekzistimi i legjislacionit i cili është krijuar mbi të njëjtën bazë do të thotë koordinim më i mirë dhe rezultate më të mira.

Por, mund të parashtrohet pyetja – nëse vendi duhet të presë deri sa të bëhet anëtare, cili është benefiti/përfitimi nga fillimi i procesit për Natura 2000 përderisa vendi ende nuk është kandidat? Përgjigja është se ruajtja më e lartë dhe më e kontrolluar është e dobishme për origjinën e saj, madje edhe para se zonat të bëhen pjesë e zyrtarizuar e Natura 2000.

Krahas kësaj, Natura 2000 vendos mundësi të reja në mjediset rurale përmes zhvillimit të eko-turizmit, bujqësisë së qëndrueshme dhe shfrytëzimit të resurseve natyrore në një mënyrë që nuk do ta rrezikojë mjedisin. Natura 2000 mund të bëhet një burim i rëndësishëm i të ardhurave për banorët lokal, e kjo përfshin:

• Zhvillimin e turizmit – rrjeti ekologjik Natura 2000 ndikon pozitivisht në mjedisin dhe kjo është dëshmuar shkencërisht. Në bazë të kësaj, kjo tërheq turistët dhe rrit numrin e vizitorëve;
• Pasi që të bëhet anëtare,  pronarët e tokës mund të kenë dobi nga ajo se ato tani më janë në zonat e Natura 2000 dhe mund të priten përfitime financiare për banorët lokal të cilët kryejnë aktivitete për mbrojtjen zonës në  Natura 2000;
• Qeveria gjithashtu mund të fitojë financa dhe programe për përmirësimin e gjendjes së infrastruktures (për rrugë, kanalizim, rrugë pedonale, arsim dhe programe për trajnim dhe gara, etj.) në zonën e Natura 2000 pasi që vendi të hyjë në BE.